Az autoimmun betegségek pontos oka nem ismert, a betegség létrejöttében genetikai és környezeti tényezők egyaránt részt vesznek. Feltételezések szerint, valamilyen kiváltó tényező, vírusos vagy bakteriális fertőzés következtében, az arra hajlamos egyénekben a kóros immunválasz következtében gyulladás jön létre, amely krónikussá válhat. Minden autoimmun betegségeknek megvan a sajátos tünetegyüttese, amelynek alapján a betegség feltételezhető. A különböző autoimmun kórképek diagnosztizálásához, laboratóriumi-, MR-, CT- illetve szövettani vizsgálatokra van szükség. A betegség lefolyása egyénfüggő, az enyhe változattól az igen súlyos változatig.
A zárójelentéseken szisztémás vagy szervspecifikus autoimmun megnevezés szerepel. A kettő közötti különbség:
- Szisztémás típus – ennél a betegségtípusnál az autoimmun reakció mindenütt előforduló antigének ellen irányul, és immunkomplexek formájában igen változatos tüneteket okozva a legkülönbözőbb szerveket, szöveteket érintik pl. rheumatoid arthritis, SLE
- Szervspecifikus típus – ilyenkor az autoimmun reakció egyetlen szerv ellen irányul, pl. Hasimoto thyreoiditis, amely a pajzsmirigyet betegíti, illetve pusztítja el.
Az autoimmun betegségek kezelésére az orvostudomány mai állása szerint, oki terápia még nincs, immunszupressziós eljárásokat alkalmaznak az immunreakciók csökkentésére, illetve a csökkent szervműködés pótlására.
Az elmúlt évtized kutatásainak eredményei alapján nyilvánvalóvá vált, hogy az autoimmun betegségek által létrehozott strukturális károsodások leginkább a betegség korai stádiumában jönnek létre, így a betegségek kimenetele szempontjából alapvetően fontos, hogy a beteg minél hamarabb hatékony kezelésben részesüljön.